Des «big data» à la validation d'un gène cible

Description du poste

Objectifs

A l'issue de la formation, le stagiaire sera capable :
- d'évaluer le bruit associé aux données haut débit,
- d'utiliser des outils de priorisation pour définir un nombre restreint de gènes cibles parmi une liste de gènes,
- de valider la pertinence d'un gène cible.

Initiation pratique à la bioinformatique translationnelle

Personnes concernées

Techniciens, ingénieurs, chercheurs en biologie, médecine, pharmacie, biotechnologie confrontés au choix d'un gène candidat pour vérification expérimentale parmi une liste de gènes issue d'approches haut-débit, notamment dans le cadre de la médecine translationnelle.

Programme

Les listes de gènes dans leur contexte
Présentation succinte d'études générant des listes de gènes (séquençage de génomes/exomes, Genome-wide associations studies, puces, RNA-seq, protéomique...). Forces et limites des approches haut-débit utilisées. Standards et ressources disponibles pour ces données, manipulation de listes.
Les outils de priorisation
Présentation des concepts utilisés pour définir les meilleurs gènes candidats. Utilisation d'outils de priorisation avec application à des cas concrets.
Validation d'un gène candidat
Validation in silico de la pertinence d'un gène candidat : contexte génomique, homologie, expression, caractérisation du gène dans ses réseaux (réseaux fonctionnels, structuraux, réseaux d'interaction, de régulation). Recherche d'un modèle expérimental adéquat sur le plan évolutif.

Méthodes pédagogiques

L'enseignement comporte des cours théoriques et une importante partie pratique (un poste de travail par personne). Un support de cours est remis aux stagiaires.

Nature et sanction de la formation

Cette formation constitue une action d'adaptation et de développement des compétences.

Elle donne lieu à la délivrance d'une attestation de participation.

Une évaluation en fin de formation permet de mesurer la satisfaction des stagiaires ainsi que l'atteinte des objectifs de formation (connaissances, compétences, adhésion, confiance) selon les niveaux 1 et 2 du modèle d'évaluation de l'efficacité des formations Kirkpatrick.

Responsables scientifiques

Mme Odile Lecompte, Maître de conférences à l'Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS).

Courriel : odile.lecompte@unistra.fr

M. Olivier Poch, Directeur de Recherche, iCube

M. Bruno Kieffer, Professeur à l'ESBS.

Durée
3 jours

Lieu

Ecole Supérieure de Biotechnologie
Pôle API - Parc d'Innovation
Boulevard Sébastien Brant
67400 ILLKIRCH GRAFFENSTADEN
FRANCE

Frais de participation

Repas de midi pris en charge par les organisateurs.
Nombre de participants limité à 12.
Code : 94

1205.00
(pour toute inscription avant le 30/06/2017)